Η λύση της δρομολόγησης του «Ταξιάρχης» στη θέση του «Πηνελόπη» δεν ικανοποιεί τη Γενική Γραμματεία Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής. Όπως μαθαίνουμε, επιθυμία της είναι στις γραμμές αυτές να δρομολογηθεί το πλοίο «Μυτιλήνη», διότι το μέγεθός του και η μεταφορική του ικανότητα είναι τέτοια, που καλύπτει τις μεταφορικές ανάγκες των άγονων γραμμών του βορείου Αιγαίου τόσο το χειμώνα όσο και το καλοκαίρι.

Στο μεταξύ, από τις 9 Μαρτίου έχει σταλεί στη ΝΕΛ επιστολή του γενικού γραμματέα Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής, Δημήτρη Χαλκιώτη, με την οποία ζητάει την αντικατάσταση του πλοίου «Πηνελόπη». Στην επιστολή του ο κ. Χαλκιώτης αναφέρει κατά λέξη: «Σας γνωρίζουμε ότι το Ε/Γ Ο/Γ “Πηνελόπη” που αντικατέστησε το Ε/Γ Ο/Γ “Θεόφιλος” από 26-12-2010 λόγω μηχανικής βλάβης, δεν εξυπηρετεί τις συγκοινωνιακές ανάγκες εξ αιτίας της χαμηλής ταχύτητάς του και θα πρέπει μετά την 30ή-3-2011 να δρομολογήσετε άλλο, ταχύτερο πλοίο στις γραμμές του Β.Α. Αιγαίου στη θέση του.»
Ο κ. Χαλκιώτης έδωσε στη δημοσιότητα την επιστολή για να διαψεύσει τον ισχυρισμό του γενικού εντεταλμένου τής ΝΕΛ, Ιωάννη Αβραντίνη, που υποστήριξε ότι η Εταιρεία δεν έχει ενημερωθεί για το αίτημα της Γενικής Γραμματείας Αιγαίου.
Επίσης, ο κ. Χαλκιώτης δήλωσε στο «Ε» ότι η Γενική Γραμματεία Αιγαίου δεν καθυστερεί τις πληρωμές των ακτοπλοϊκών εταιρειών για τις άγονες γραμμές. Μόνο στην τελευταία πληρωμή παρατηρήθηκε καθυστέρηση, η οποία οφείλεται στην αλλαγή της διαδικασίας πληρωμής των εταιρειών.