Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου οργανώνει στα Τμήματά του 28 μεταπτυχιακά προγράμματα.
Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου οργανώνει στα Τμήματά του τα παρακάτω 28 μεταπτυχιακά προγράμματα:
- Γεωγραφίας (1): Γεωγραφία και Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική.
- Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας (2): Κοινωνική και Ιστορική Ανθρωπολογία, Γυναίκες και Φύλα: Ανθρωπολογικές και Ιστορικές Προσεγγίσεις.
- Κοινωνιολογίας (3): Έρευνα για την Τοπική Κοινωνική Ανάπτυξη και Συνοχή, Ευρωπαϊκές Κοινωνίες και Ευρωπαϊκή Ολοκλήρωση, Πόλη και Περιβάλλον - Εφαρμοσμένη Κλινική Κοινωνιολογία.
- Πολιτισμικής Τεχνολογίας και Επικοινωνίας (1): Πολιτισμική Πληροφορική και Επικοινωνία.
- Παιδαγωγικό (1): Επιστήμες της Αγωγής - Εκπαίδευση με Χρήση Νέων Τεχνολογιών.
- Επιστημών Προσχολικής Αγωγής και Εκπαιδευτικού Σχεδιασμού (4): Μοντέλα Σχεδιασμού και Ανάπτυξης Εκπαιδευτικών Μονάδων, Παιδικό Βιβλίο και Παιδαγωγικό Υλικό, Περιβαλλοντική Εκπαίδευση, Φύλο και Νέα Εκπαιδευτικά και Εργασιακά Περιβάλλοντα στην Κοινωνία της Πληροφορίας.
- Μεσογειακών Σπουδών (1): Πολιτικές, Οικονομικές και Διεθνείς Σχέσεις στη Μεσόγειο.
- Διοίκησης Επιχειρήσεων (1): Διοίκηση Επιχειρήσεων (ΜΒΑ).
- Ναυτιλιακών και Επιχειρηματικών Σπουδών (1): Ναυτιλία, Μεταφορές και Διεθνές Εμπόριο.
- Οικονομίας και Διοίκησης Τουρισμού (1): Σχεδιασμός, Διοίκηση και Πολιτική του Τουρισμού.
- Μαθηματικών (1): Μαθηματική Μοντελοποίηση στις Φυσικές Επιστήμες και στις Σύγχρονες Τεχνολογίες.
- Στατιστικής και Αναλογιστικής Επιστήμης (1): Στατιστική και Χρηματοοικονομικά - Αναλογιστικά Μαθηματικά.
- Περιβάλλοντος (5): Γεωργία και Περιβάλλον, Διατήρηση της Βιοποικιλότητας - BIODIV (Ελληνογαλλικό Π.Μ.Σ.), Θεοφράστειο: Περιβαλλοντική και Οικολογική Μηχανική, Περιβαλλοντική Πολιτική και Διαχείριση, Περιβαλλοντική Επιστήμη - Πολιτική και Διαχείριση (MESROM) -Διεθνές Π.Μ.Σ. Erasmus Mundus.
- Επιστημών της Θάλασσας (1): Διαχείριση Παράκτιων Περιοχών.
- Μηχανικών Οικονομίας και Διοίκησης (1): Οικονομική και Διοίκηση για Μηχανικούς.
- Μηχανικών Πληροφοριακών και Επικοινωνιακών Συστημάτων (1): Τεχνολογίες και Διοίκηση Πληροφοριακών και Επικοινωνιακών Συστημάτων.
- Μηχανικών Σχεδίασης Προϊόντων και Συστημάτων (2): Ολιστικά Εναλλακτικά Θεραπευτικά Συστήματα - Κλασσική Ομοιοπαθητική, Σχεδίαση Διαδραστικών και Βιομηχανικών Προϊόντων και Συστημάτων.