Το έργο ανέγερσης δύο μουσειακών αποθηκών στον προϊστορικό οικισμό της Θερμής εντάχθηκε, με απόφαση της γενικής γραμματέα της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου, Σοφίας Θεολογίτου, στο Περιφερειακό Πρόγραμμα (ΠΕΠ) Κρήτης και Νήσων Αιγαίου 2007 - 2013.
Το έργο, που έχει προϋπολογισμό 350.000 ευρώ, αφορά στην κατασκευή μιας αποθήκης μέσα στον αρχαιολογικό χώρο και δίπλα στα υπάρχοντα κτήρια και ακόμα μίας στο μεγάλο χώρο που βρίσκεται δίπλα στο πάρκινγκ και ο οποίος ανήκει στην Κ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασσικών Αρχαιοτήτων. Και οι δύο θα χρησιμεύουν για την αποθήκευση και την επεξεργασία ενός μεγάλου όγκου ευρημάτων που έχουν φέρει στο φως οι ανασκαφές και για τα οποία δεν υπάρχει χώρος στο Αρχαιολογικό Μουσείο, καθώς και διάφορων εργαλείων, υλικών κ.ά..
«Με το έργο των δύο αποθηκών συμπληρώνεται και ολοκληρώνεται το έργο που είχε ξεκινήσει στα πλαίσια του Γ΄ Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης και του Επιχειρησιακού Προγράμματος “Πολιτισμός”, για τη διαμόρφωση του αρχαιολογικού χώρου της Θερμής. Η συντήρηση και η τακτοποίηση των ευρημάτων, ολοκληρώνει την ανάδειξη και ανάπλαση του προϊστορικού οικισμού», δήλωσε στο «Ε» η προϊστάμενη της Κ΄ ΕΠΚΑ, Όλγα Φιλανιώτου.
Από την πλευρά της, η γενική γραμματέας της Περιφέρειας, Σοφία Θεολογίτου, δήλωσε: «Σκοπός του έργου είναι η καλύτερη δυνατή αξιοποίηση του αρχαιολογικού χώρου, με τη δημιουργία χώρων αποθήκευσης, καταλογογράφησης και αξιολόγησης των αρχαίων κινητών ευρημάτων.»
Να σημειωθεί πως η ανάδειξη του προϊστορικού οικισμού της Θερμής είχε ενταχθεί στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Πολιτισμός» και ολοκληρώθηκε το 2008.