Δύο συνολικά Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών των τμημάτων του Πανεπιστημίου Αιγαίου που στεγάζονται στη Μυτιλήνη, χρηματοδοτούνται επιπλέον από το Υπουργείο Παιδείας για το 2011. Η χρηματοδότηση έρχεται μεν να καλύψει δαπάνες λειτουργίας των προγραμμάτων, είναι ωστόσο κατά πολύ μειωμένη σε σχέση με προηγούμενες χρονιές, συγκριτικά με τις οποίες δίνεται το μισό ποσόν.

Τα δύο μεταπτυχιακά προγράμματα της Μυτιλήνης που χρηματοδοτούνται από το Υπουργείο Παιδείας, είναι το Π.Μ.Σ. «Γυναίκες και Φύλα» του Τμήματος Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας, με το ποσό των 9.000 ευρώ, και το ελληνογαλλικό Π.Μ.Σ. «Διατήρηση της Βιοποικιλότητας», που πραγματοποιεί το Τμήμα Επιστημών της Θάλασσας, το οποίο χρηματοδοτείται με το ποσό των 10.000 ευρώ.
Πρόκειται για τα δύο μεταπτυχιακά προγράμματα που δεν έχουν δίδακτρα και επιχορηγούνται από τον τακτικό προϋπολογισμό, ενώ η επιπλέον αυτή επιχορήγηση δίνεται στο κάθε Τμήμα για να μπορέσει να λειτουργήσει το συγκεκριμένο πρόγραμμα σπουδών.
Ωστόσο, όπως εξήγησε στο «Ε» ο αντιπρύτανης Φοιτητικών Θεμάτων και Ακαδημαϊκών Υποθέσεων του ιδρύματος, Νίκος Σουλακέλλης, το ποσό αυτό είναι κατά πολύ μειωμένο σε σχέση με προηγούμενα έτη και δυσκολεύει τη λειτουργία των προγραμμάτων, όπως ισχύει και για τα τμήματα εν γένει.
«Η επιχορήγηση αυτή ανερχόταν, για κάθε μεταπτυχιακό πρόγραμμα, στα 20.000 ευρώ», ανέφερε ο ίδιος. «Όπως όλος ο τακτικός προϋπολογισμός μειώθηκε κατά 50%, ήταν αναμενόμενο να υπάρξει αντίστοιχη μείωση και στα μεταπτυχιακά.»