Για να αντιμετωπιστούν προβλήματα που δημιούργησε ο «Καλλικράτης» στη διαδικασία οριοθέτησης ρεμάτων, υπογράφτηκε προγραμματική σύμβαση μεταξύ της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Αιγαίου και της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου, που αφορά στην «Άσκηση αρμοδιοτήτων οριοθέτησης υδατορεμάτων».
 
Με την υπογραφή της προγραμματικής σύμβασης που υπέγραψαν η γενική γραμματέας, Χριστιάνα Καλογήρου, και ο περιφερειάρχης Βορείου Αιγαίου, Νάσος Γιακαλής, διευκολύνεται η οριοθέτηση των υδατορεμάτων στο Βόρειο Αιγαίο, καθώς ορίζονται σαφώς οι αρμοδιότητες των δύο φορέων. Έτσι, ο έλεγχος και η θεώρηση των σχεδίων θα γίνεται από τις υπηρεσίες της Περιφέρειας, ενώ η έκδοση της απόφασης επικύρωσης, από τις υπηρεσίες τής ΑΔΑ.

Με τον «Καλλικράτη», όλες οι αρμοδιότητες για την οριοθέτηση είχαν εκχωρηθεί στις αποκεντρωμένες διοικήσεις, ενώ ταυτόχρονα οι τεχνικές υπηρεσίες των παλαιών κρατικών περιφερειών είχαν υπαχθεί στις αιρετές αυτοδιοικήσεις α΄ και β΄ βαθμού.

Η αντίφαση αυτή αποδείχθηκε στην πράξη ότι δημιουργούσε αντικειμενικά και πρακτικά προβλήματα, τα οποία και επιλύονται με την εν λόγω σύμβαση, αφού άλλος είχε την αρμοδιότητα κι άλλος το προσωπικό για να την ασκήσει.

Η διάρκεια της προγραμματικής σύμβασης είναι πενταετής, εκτός εάν λήξει με την έκδοση γενικής οδηγίας ή νομοθετικής ρύθμισης για την άσκηση των αντίστοιχων αρμοδιοτήτων. Η ισχύς της μπορεί να παραταθεί με αντίστοιχες αποφάσεις των συμβαλλόμενων φορέων.