Πίσω από την εκκλησιά υπήρχαν ανακαινισμένα, τριώροφα κελιά, που φτιάχτηκαν το 1969. Αυτά βέβαια δεν είχαν καμιά σχέση με το «αρμονικό σύνολο» της εσωτερικής αυλής. Έτσι η βαριά τσιμεντένια γρηπίδα «κάθισε» τον τοίχο και τώρα είναι μισογκρεμισμένα! Την ΒΑ γωνία καταλαμβάνει παλαιό κτήριο κελιών, με σχισμοειδείς αεραγωγούς στο ισόγειο, με αποτροπαική λίθινη κεφαλή και σπείρες στη γωνία, με εντοιχισμένη επιγραφή με σταυρό ΙC ΧC ΝΙΚΑ 1876. Επίσης άλλη εντοιχισμένη επιγραφή, στο ίδιο κτήριο αναφέρει 1859 ΜΑΡΤΙΟΥ Ζ ΑΝΕΚΕΝΙΣΤΙ. 

Η χρονολογική σειρά του μοναστηριού τούτου είναι περίπου η εξής: 

Υπάρχει η μαρτυρία, πως το μοναστήρι υπήρχε στα χρόνια του Βυζαντίου. Το 1331, ο Μητροπολίτης Μηθύμνης Μαλαχίας, προσέφυγε στην Πατριαρχική σύνοδο, καταγγέλλοντας την αυθαίρετη οικειοποίηση από την Μονή Καλέως (στον Εύξεινο Πόντο) τεσσάρων Λεσβιακών μοναστηριών, μεταξύ των οποίων και της Μυρσίνης.1 Τελικά βέβαια, αποδόθηκε στους δικαιούχους. 

Το 1487 (19 Οκτωβρίου), σε ένα εξαρχικό γράμμα, αναφέρεται σαν Σταυροπηγιακή. Είχε ερημωθεί στην άλωση (1462) και αγοράστηκε από την γυναίκα του πρώην οικονόμου Μηθύμνης παπα-Ξενητού.157 Το αγόρασε, ερειπωμένο με τους γύρω μπαχτσέδες και το καθολικό, που είχε διασωθεί. 

Αυτό τώρα το ερείπιο, όπου λειτουργούσε μόνο ο ναός, βρίσκεται το 1527 στα χέρια του οικονόμου Μηθύμνης, ιερέως Μανουήλ Αγαλλιανού, ο οποίος στις 25 Μαρτίου με προσηλωτικό γράμμα, την παραχωρεί στον γιό του, ιερομόναχο τότε, Ιγνάτιο (Μαζί με τον Λειμώνα). Γίνεται ανασύσταση πια του Μοναστηριού. Επισκευές γίνονται το 1523, 1536 και 1826.127 Από εδώ και πέρα, άφθονα έγγραφα για την δράση του, βρίσκονται στο αρχείο του Λειμώνος. Ιδρύεται Σχολή Υφαντουργίας και Κεντήματος, για τις νέες των γύρω οικισμών. Πολλά από αυτά κοσμούν το μουσείο του Λειμώνος. Το 1548 το αναφέρουν τα Οθωμανικά Φορολογικά Κατάστιχα, στα Δάφια. 

Το 1577, κτίζεται από τον γιό του Ιγνατίου Μεθόδιο, η μεγάλη βρύση, δίπλα στον ναό.2 

To 1621 ο Γαβριήλ γράφει «Άνωθεν του Φάραγκος έτερον μοναστήριον της Αγίας Θεοτόκου ονομάζεται Μυρσινιότησα, δια το είναι πλείστοι μυρσίναι. Έχει μονάζουσας ογδοήκοντα. Εισί κοινόβια αμφότερα. Εστί εν αυτή τη μονή λείψανον Ιγνατίου μητροπολίτου Μηθύμνης, του κτήτορος των δυο τούτων μοναστηριών (και του Λειμώνος)·έχει ευωδίαν πλείστην, αλλά θαύματα ουκ εποίησεν». 

Το 1566, έχει ήδη πεθάνει ο Άγιος Ιγνάτιος και βλέπουμε το 1621, το λείψανό του στον τάφο που βρίσκεται στην Παναγιά. Τώρα έχει μεταφερθεί στο μοναστήρι του Λειμώνος, 

Το 1709, ένας Τούρκος Ληστής, κλέβει την κάρα του Αγίου. Απαγχονίζεται και επιστρέφεται το ιερό λείψανο στο Μοναστήρι. Το 1862 πυρκαγιά καταστρέφει μέρος των κελιών. Το 1867, ο τρομερός σεισμός, ερειπώνει το Μοναστήρι. Νέα ανακαίνιση. Το 1915 άλλη πυρκαγιά κατακαίει τον παλιό ναό με το ωραίο ξυλόγλυπτο τέμπλο. Σώζεται η Παναγιά. Έτσι το 1917, κτίζεται ο σημερινός ναός. 

1.Νικόδημου Παυλόπουλου Προσκυνητάριο της Ιεράς Μονής Μυρσινιωτίσσης Καλλονής Λέσβου 1981 σελ. 9 2.το ίδιο σελ. 13 

το Τέμπλο του καθολικού της Παναγιάς 

και η κενή, μαρμάρινη λάρνακα του Ιγνατίου

Η νότια πλευρά μετά τον νερόμυλο 

Η ΒΑ γωνία και η βορινή πλευρά των κελιών 

η ανατολική πλευρά των κελιών 

Η ανακαίνιση του 1876 και το αποτροπαικό πρόσωπο της ΒΑ γωνίας 

η ανακαίνιση (των κελιών) του 1859