Αντικείμενο εισαγγελικής έρευνας είναι σύμφωνα με πληροφορίες μια υπόθεση που έφερε στο φως έλεγχος του ΣΔΟΕ και αφορά σε ένα «λογιστικό στοιχείο» που εντοπίστηκε στα βιβλία. Πρόκειται για ένα έγγραφο όπου φέρεται η θυγατρική εταιρεία «Αρίσβη» της Ναυτιλιακής Εταιρείας Λέσβου να επιστρέφει στη ΝΕΛ δάνειο ύψους 650.000 ευρώ περίπου, το οποίο εμφανίζεται να είχε πάρει. Από τον ίδιο έλεγχο, όμως, προκύπτει ότι η θυγατρική τής ΝΕΛ δεν είχε το ταμειακό αντίκρισμα για να επιστρέψει αυτό το ποσό.

Το έγγραφο που έφερε στο φως η έρευνα του ΣΔΟΕ έχει, σύμφωνα με ασφαλείς πληροφορίες, υπογραφή 31/12/2005 και ήδη η υπόθεση αυτή, μαζί με όλα τα στοιχεία, έχει σταλεί στην Εισαγγελία Αθηνών. Συγκεκριμένα, την υπόθεση έχει αναλάβει ο εισαγγελέας Δημήτρης Προκοπίου, ο οποίος μάλιστα κατάγεται από τη Μυτιλήνη και εμφανίζεται σύμφωνα με νομικούς κύκλους να ρίχνει άπλετο φως στο όλο θέμα.
Ήδη έχει διατάξει προανάκριση και έχουν σταλεί κλήσεις στα στελέχη της τότε διοίκησης της ΝΕΛ, προκειμένου να διαπιστωθεί αν υπάρχουν ποινικές ευθύνες. Κάποιες πληροφορίες αναφέρουν ότι η «ζημιά» που διαπιστώθηκε ότι υπέστη η Τταιρεία από αυτή την υπόθεση, ξεπερνά τα επτά εκατομμύρια ευρώ! Οι ποινικές ευθύνες, όμως, που ενδεχομένως να προκύψουν από την προανάκριση θα αφορούν μόνο το ποσό των 650.000 ευρώ περίπου.
Κάποια παλιά στελέχη τής ΝΕΛ, πάντως, σχολιάζοντας το θέμα στο «Ε» θεωρούν ότι η υπόθεση αυτή είναι μια «παρωνυχίδα» μπροστά σε όσα κατά καιρούς έχουν συζητηθεί για χειρισμούς από παλιές διοικήσεις της Εταιρείας.