Πολύ μεγάλα προβλήματα παρουσιάζονται στις μεταφορές ζώντων ζώων (αρνιών και κατσικιών) από τη Λήμνο προς την ηπειρωτική Ελλάδα. Σε κάθε δρομολόγιο πλοίου μπορούν να μεταφέρονται δύο με τρία φορτηγά με ζώα, όμως τα υπάρχοντα δρομολόγια είναι λίγα και αυτό έχει ως συνέπεια να παρατηρούνται πολυήμερες καθυστερήσεις στις μεταφορές. Το πρόβλημα αυτό γίνεται μεγαλύτερο τις περιόδους αιχμής, με αποτέλεσμα οι κτηνοτρόφοι να μην μπορούν να προωθήσουν εγκαίρως στις αγορές τα αρνιά και τα κατσίκια τους.
Σε ερώτηση που κατέθεσε ο βουλευτής της Ν.Δ. Σπύρος Γαληνός προς την υπουργό Οικονομίας, Ανάπτυξης και Ναυτιλίας, Λούκα Κατσέλη, τονίζει ότι το πλοίο που καλύπτει τις μεταφορικές ανάγκες της Λήμνου είναι ανοιχτού τύπου και κατά συνέπεια μπορεί να μεταφέρει περισσότερα φορτηγά χωρίς να δημιουργείται πρόβλημα για τους επιβάτες. Παράλληλα, καλεί την υπουργό να προβεί σε όποιες ενέργειες είναι απαραίτητες για να διασφαλιστεί η απρόσκοπτη μεταφορά των αρνιών και των κατσικιών της Λήμνου.
Το πρόβλημα αυτό είναι σημαντικό για τους κτηνοτρόφους του γειτονικού νησιού, ειδική αυτή την περίοδο που έχουν μεγάλη ζήτηση τα αρνιά και τα κατσίκια τους από εμπόρους κρέατος που θέλουν να τα σφάξουν στην Αθήνα ή τη Θεσσαλονίκη. Εκεί υπάρχουν μεγάλα βιομηχανικά σφαγεία και μπορούν να σφάξουν τα ζώα που έχουν προμηθευτεί από τη Λήμνο την εποχή που θεωρούν κατάλληλη (π.χ. το Πάσχα) και στη συνέχεια να τα διαθέσουν στις αγορές των περιοχών αυτών. Αντιθέτως, η σφαγή των αρνιών και των κατσικιών στη Λήμνο τις περιόδους αιχμής είναι αρκετά δύσκολη, διότι η δυναμικότητα των τοπικών σφαγείων είναι μικρή. Επιπλέον, το μικρό χρονικό διάστημα που υπάρχει μεγάλη ζήτηση για το αρνίσιο και κατσικίσιο κρέας, είναι πολύ δύσκολη η μεταφορά των σφαγίων σε ψυγεία από τη Λήμνο προς τα μεγάλα αστικά κέντρα.