Στην Ειδική Περιβαλλοντική Μελέτη για τις περιοχές ΝATURA 2000 της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου και πιο συγκεκριμένα των 11 της Λέσβου  καταγράφονται οι παρεμβάσεις - ενέργειες που αποτελούν απειλές, αλλά και τα μέτρα προστασίας. Η μελέτη αυτή θα αποτελέσει την βάση για την σύνταξη σχεδίων διαχείρισης των περιοχών αυτών. 

Στην Ειδική Περιβαλλοντική Μελέτη για τις περιοχές ΝATURA 2000 της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου σε ότι έχει να κάνει με τον Κόλπο Καλλονής και την παράκτια ζώνη και τις απειλές γίνεται ειδική στις «ξενοδοχειακές μονάδες να έχουν κατασκευαστεί στην περιοχή της Σκάλας Καλλονής, καταπατώντας τις περισσότερες φορές υγροτοπικές εκτάσεις και πιέζοντας τους εναπομείνοντες υγρότοπους»....

Στις «κόκκινες γραμμές» είναι ότι απαγορεύεται η χρήση συρόμενων αλιευτικών εργαλείων και η δημιουργία Περιοχής Οργανωμένης Ανάπτυξης Υδατοκαλλιεργειών εντός του Κόλπου Καλλονής. Σε ότι έχει να κάνει με την παράκτια ζώνη γίνεται ειδική αναφορά στην δημοτική περιοχή που προκλήθηκε περιβαλλοντική ζημιά το 2023 όπου απαγορεύεται η εξάσκηση αλόγων, η διοργάνωση επιδείξεων / εκδηλώσεων με άλογα καθώς και η αυτόβουλη δημιουργία νέων δρόμων ή η επέκταση υφιστάμενων. Ακόμη δεν επιτρέπεται η χρήση των υγροτόπων κάθε είδους από μοτοσυκλέτες moto-cross.

Το Προεδρικό Διάταγμα που θα ακολουθήσει αναμένεται να βάλει τέλος στον κατ’ εξακολούθηση «βιασμό» των περιοχών Natura, όπως ενδεικτικό παράδειγμα αποτελεί ο Κόλπος Καλλονής και η Παράκτια Ζώνη αυτού.

Η ανθρώπινη ή καλύτερα παράνομη παρέμβαση σε αυτές με αρνητικές πάντα προεκτάσεις όπως έχει καταγραφεί, γίνεται με την υποστήριξη, την αδιαφορία ή την αδράνεια, κατά περίπτωση, της αυτοδιοίκησης και των αρμόδιων αρχών....