Τη χρηματοδότηση κατά προτεραιότητα αλιευτικών καταφυγίων που βρίσκονται σε απομακρυσμένα νησιά, όπως τα νησιά του νομού Λέσβου, προβλέπει το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Αλιείας που διαθέτει 30 εκατ. ευρώ για την κατασκευή καταφυγίων σε όλη την επικράτεια. Όπως ανακοινώθηκε απ’ την Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου, υπάρχει ανοικτή πρόσκληση του υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, για την υποβολή προτάσεων έργων για αλιευτικά καταφύγια στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Αλιείας 2007 - 2013 (ΕΠΑΛ), το οποίο συγχρηματοδοτείται από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Αλιείας.
Οι χρηματοδοτούμενες πράξεις σε απομακρυσμένα νησιά μεταξύ των οποίων είναι και τα νησιά της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου, επιλέγονται κατά προτεραιότητα, ενώ περαιτέρω πληροφορίες και υποδείγματα εντύπων βρίσκονται δημοσιευμένα στην ηλεκτρονική διεύθυνση http://www.alieia.gr