Σε αντίθεση με ό,τι έχει δρομολογηθεί για το Νοσοκομείο Μυτιλήνης, όπου τα έργα τού ΕΣΠΑ ανέλαβε να υλοποιήσει η ΔΕΠΑΝΟΜ, η ανώνυμος κατασκευαστική εταιρεία του Υπουργείου Υγείας, το Περιφερειακό Συμβούλιο Βορείου Αιγαίου ενέκρινε την κατάρτιση προγραμματικής σύμβασης με το Νοσοκομείο Λήμνου, προκειμένου οι υπηρεσίες της να αναλάβουν την υλοποίηση των έργων που θα γίνουν στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ (πτέρυγα ψυχιατρικού, προμήθεια αξονικού κ.ά.).
Στη σύμβαση που εγκρίθηκε, υπάρχει όρος σύμφωνα με τον οποίο το Νοσοκομείο της Λήμνου αναλαμβάνει την υποχρέωση της ολοκλήρωσης και έγκρισης των απαιτούμενων μελετών τις οποίες και θα παραδώσει στην Περιφέρεια, την υποχρέωση έκδοσης όλων των απαιτούμενων αδειών και εγκρίσεων για την εκτέλεση των έργων και την προμήθεια των υλικών, όπως και την υποχρέωση σύνταξης και έγκρισης των προδιαγραφών των προς προμήθεια υλικών.